南阳中医药学校为市属公办学校，创建于 1978 年 10 月，前身是河南省云阳中医药学校。1992 年 7 月，云阳中医药学校搬迁南阳，与张仲景国医大学合并，更名为南阳中医药学校。1993年张仲景国医大学并入南阳理工学院成立南阳理工学院国医国药系，南阳理工学院国医国药系由南阳中医药学校代管，2006 年南阳市人民政府进行教育资源整合（宛政文[2006]37 号），将南阳中医药学校、一职专、南阳理工学院国医国药系（原张仲景国医大学）委托南阳医专代管。